Les procédures à respecter lors d'un premier contact sont d'une importance capitale pour la Fédération Unie des Planètes. En attendant que des mondes soient prêts à rejoindre la communauté intergalactique, il s'agit de ne pas troubler le développement naturel d'une société primitive.

Dans une galaxie fourmillant de mondes habitables et peuplée d'une myriade de formes de vie intelligentes, l'évolution et la croissance de civilisations interstellaires sont inévitables. En bien des occasions, la FUP a pu observer le développement d'espèces ne possédant pas encore la propulsion par distorsion, avec l'espoir de les voir un jour devenir membres de la vaste communauté intergalactique.

L'Ordre Général numéro 1 de Starfleet, également connu sous le nom de « Prime Directive », stipule qu'aucun Officier de Starfleet ni citoyen de la FUP en général ne doit intervenir dans le cours normal du développement d'une société Alien, quelle qu'elle soit. Cet ordre est la première barrière érigée contre toute contamination culturelle.

Quand une civilisation Alien aborde le niveau de sophistication technique et la complexité requise pour maîtriser les techniques de la propulsion par distorsion, et donc pour intégrer la communauté interstellaire, la Fédération lance un programme d'observation rapprochée. Dans certains cas, il faut en passer par l'étude clandestine d'un peuple pour obtenir un meilleur point de vue. Une unité d'observation et de contact de Starfleet est alors déployée sur le monde en question, sous occultation.

L'équipe de contact voit souvent son aspect physique chirurgicalement altéré, afin de lui permettre de se fondre avec l'espèce locale. Elle peut aussi opérer à partir d'un vaisseau en orbite, dissimulé par des champs d'amortissement sensoriels, ou à partir d'une structure camouflée sur la surface même de la planète. Dans la plupart des cas, le camouflage est assuré par une batterie de générateurs holographiques qui projettent par-dessus une vision du paysage local, permettant à la structure de se fondre parfaitement dedans.

Les observateurs peuvent aussi utiliser des combinaisons spéciales de camouflage, dont le principe rejoint celui de l'occulteur d'un vaisseau. On utilise de tels systèmes pour observer les peuples natifs de planètes telles que Mintaka III et le monde colonie de Ba'ku.

Avant d'établir le contact officiellement, des équipes clandestines peuvent approcher certains individus comme des savants ou des dirigeants susceptibles d'être réceptifs au concept d'autres mondes et à celui de la Fédération. L'heure venue, les agents se feront connaître. Un premier contact est toujours une situation délicate. L'arrivée trop soudaine d'une civilisation plus évoluée peut s'avérer un véritable désastre. Et les peuples qui ne sont pas prêts ou qui n'ont pas été préparés au concept des Aliens et du vaste univers, risquent de réagir très mal et de plonger dans la discorde sociale ou la xénophobie...

La situation peut empirer si le niveau de connaissance de l'espèce en question ne tend pas au développement de la technologie distorsionnelle, ou même au fondement des sciences. Les peuples primitifs préindustriels se caractérisent souvent par de puissantes croyances en des forces mystiques et en des dieux.

Dans un tel environnement, toute technologie assez évoluée fera figure de magie. Des dispositifs typiques de la Fédération tels que communicateurs, phaseurs, téléporteurs et projecteurs holographiques peuvent être vus comme d'essence divine.

L'idée qui sous-tend la Prime Directive est antérieure à la Fédération, mais la version courante des protocoles de premier contact de Starfleet a été révisée par le Capitaine McCullough, un Officier de renom. Plusieurs vaisseaux de Starfleet se sont engagés dans des missions de premier contact, nombre d'exemples notables s'étant déroulés sous le commandement du Capitaine Jean-Luc Picard de l'USS Enterprise NCC-1701-D.

En 2366, Picard est directement impliqué dans un premier contact survenu sur Mintaka III, et qui manque se terminer par un désastre. L'équipe qui observait à couvert une colonie primitive d'humanoïdes proto-vulcains est percée à jour, et deux Officiers supérieurs de Picard (après transformation chirurgicale) sont envoyés sur les lieux pour observer la situation. Alors que les Mintakans en sont encore à l'âge de bronze d'un point de vue technologique et toujours enclins aux systèmes de croyances mythiques, ils se persuadent que Picard est un de leurs dieux après l'avoir vu faire usage d'une technologie avancée.

L'équipage de l’Enterprise sera en mesure d'y remettre bon ordre. Mais en 2370, un incident comparable ne connaît pas un dénouement aussi heureux. Picard avoue qu'il a des réserves quant à sauver un village Alien de l'attaque de Boraal II. Et ses doutes s'avèrent fondés lorsqu'un dénommé Vorin met fin à ses jours après avoir été confronté à la science supérieure de la Fédération.

Une prise de contact plus typique, mais non moins périlleuse, survient en 2367 sur Malcor III.

Une scientifique Malcorienne, Mirasta Yale, est à la veille de mettre au point la technologie du voyage par distorsion. Mais l'agitation sociale et la peur des extraterrestres qui accable ses semblables rendent problématique toute rencontre avec d'autres espèces que celle des Malcoriens.

Les supérieurs de Yale préféreront finalement retarder leur développement technique et scientifique afin de laisser aux Malcoriens le temps de souffler et de faire leurs ces concepts nouveaux.

Yale en personne demande au Capitaine Picard de partir à bord de l’Enterprise explorer la Galaxie, ainsi qu'elle en a toujours rêvé. C'est grâce à des visionnaires comme elle que, dans leur grande majorité, les premiers contacts de la Fédération sont couronnés de succès.